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産品服務

Sequencing services

真菌重測序

産品概述

       基因組重測序是對已知的基因組進行測序,并對個體或者群體樣品進行分析。真菌重測序可以輔助研究者發現真菌單核苷酸多态性位點(SNPs)、插入(Insertion)、缺失(Deletion)等變異類型,以最廉價的方式将單個參考基因組信息擴增為生物群體的遺傳特征。通過雙末端(Paired-End)測序,檢測基因序列間的位點差異和結構變異,在全基因組水平上解釋導緻性狀差異的原因。

 

産品優勢

高性價比:低價獲得50× coverage 的全基因組數據

優質服務:豐富的項目經驗,提供全面準确的基因組解析結果

 

産品應用

病原真菌緻病因子分析

食用/藥用真菌功能基因挖掘

群體進化研究


案例一:基因組+轉錄組研究稻瘟病菌98-06新的緻病元件,揭示基因組進化的動态過程

Global Genome and Transcriptome Analyses of Magnaporthe oryzae Epidemic Isolate 98-06 Uncover Novel Effectors and Pathogenicity-Related Genes, Revealing Gene Gain and Lose Dynamics in Genome Evolution. (PLoS Pathog. 2015)

       通過基因組和轉錄組對水稻敏感病原稻瘟病菌98-06進行研究,發現與參考菌株70-15相比,該菌株有1.4Mb的特異性基因序列。全基因組表達譜測序發現134個效應因子,其中兩個效應因子Iug6和Iug9以及一個新的緻病性相關基因産物Iug18是主要功能相關因子。研究發現Iug6和Iug9存在于BIC(biotrophic interfacial complex),這兩個基因的過量表達會抑制水稻相關抗性基因表達。該研究在一定程度上支持了“孤立基因是病原基因多樣性來源”的假設,同時也為更深入的研究稻瘟病菌的效應因子和緻病基因變異提供依據。

真菌重測序案例1-圖1 

圖1. 98-06和70-15基因組比較

 真菌重測序案例1-圖2

圖2. 稻瘟病菌感染後不同時間水稻不同信号通路基因表達譜

真菌重測序案例1-圖3

圖3. RNA-seq檢測不同稻瘟病菌緻病基因及元件表達情況

 

案例二:高雜合、高重複的小麥條繡真菌基因組研究

High genome heterozygosity and endemic genetic recombination in the wheat stripe rust fungus.( Nat Commun. 2013 )

      小麥條鏽病是一種危害嚴重的農作物疾病,本研究選擇小麥條鏽病的病原菌小麥條鏽菌Pst(Puccinia striiformis f. sp. tritici) isolate CY32進行測序,通過”fosmid-to-fosmid”測序組裝得到110Mb的基因圖譜,并對其物種進化和緻病機理進行研究。研究發現Pst是高度雜合基因組,包含25,288個蛋白編碼基因。與條件緻病菌相比,Pst具有更多的基因元件,編碼更多的分泌蛋白。對6株來自不同地區的菌株進行重測序結果發現Pst具有較高的基因多樣性,在基因編碼區發現約35%的SNPs,其中有一半為非同義突變。該研究采用 ”fosmid-to-fosmid” 策略得到了較好的雙核基因組組裝結果,并對病原菌物種進化及緻病機理研究提供重要的依據。

真菌重測序案例2-圖1

圖1. Pst基因組雜合區域通過對Pst-CY32 Illumina測序組裝結果與Sanger測序結果進行校正,發現雜合區域;将重測序結果與Pst-CY32參考基因組比對,檢測SNP和SNV變異

真菌重測序案例2-圖2

圖2. 7株Pst菌株相互關系分析a, 根據不同菌株毒力大小對17個菌株,7個隔離群進行熱圖分析;b, 根據SNP分析結果分析7個菌群間的進化關系




DNA樣本

樣本類型

總量

濃度

完整性(膠圖)

純度

基因組DNA

800bp 文庫

1μg

12.5ng/μl

主峰>20Kb

無蛋白,RNA/鹽離子等污染,樣本無色透明不粘稠

≤800bp PCR free 文庫

10μg

30ng/μl

主峰>20Kb





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