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産品服務

Sequencing services

基因分型

Affymetrix 基因分型

華大基因擁有 Affymetrix GeneTitan MC 系統,可以提供兼容該系統的 Affymetrix Axiom®目錄芯片和定制芯片分型服務。

封面

服務優勢

Affymetrix全球戰略合作夥伴

華大科技領先的組學服務支持

深刻理解客戶需求,研發定制化芯片供客戶選擇

可提供NGS測序-Affymetrix芯片分型全系列解決方案


技術亮點

原位光刻技術重複性高、穩定性好、靈敏度高、假陽性率低;

應用GeneTitan®多通道全自動掃描儀,快速、高通量;

目錄芯片可提供多人種芯片服務;

針對多倍體個性化解決方案;

定制化芯片标記密度高達260萬、定制靈活;

基因分型檢出率高于99%。


Axiom 精準醫學研究芯片(Precision Medicine Research Array)

在全球精準醫學篩查研究中,推動更深入的個體遺傳多樣性科學研究和理解。

Axiom PMRA是Affymetrix2016年年底推出的,專為基礎實驗和臨床實驗室、研究機構,以及直接面向消費者的基因組分析機構中的科學家而設計。它有助于科學家們更好地理解人類遺傳學與複雜疾病易感性之間的相互作用,并且将這些研究成果轉化為有效的臨床應用。

PMRA

人類研究芯片

Yongyong Shi, et al. Genome-wide association study identifies eight new risk loci for polycystic ovary syndrome. Nature Genetics. 2012, 44(9):1020-1025.

發表單位:上海交通大學Bio-X研究院等                      影響因子:35.2

案例描述:上海交通大學等多家科研單位應用Affymetrix人類基因分型芯片平台,分析1510個病例,以及2016個對照的數據,并結合全基因組關聯分析GWAS(包含已發表的744個病例,以及895個對照)。确認了之前發現的3個易感位點,還發現了8個新的多囊卵巢綜合症關聯信号。

CHB

圖1 8個新的多囊卵巢綜合症關聯信号位點區域圖

表1 Axiom 芯片分型DNA送樣建議

樣品類型

總量

濃度

完整性(膠圖)

純度

基因組DNA

M ≥500ng

C≥50 ng/μL

主峰>20Kb

無蛋白、RNA、鹽離子等污染物,樣本無色透明不粘稠


表2 Axiom 芯片分型組織送樣建議

樣品類型

總量

新鮮培養細胞

細胞數≥1×106

新鮮動物組織

幹重≥50mg

新鮮植物組織

幹重≥200mg

全血(哺乳動物)

體積≥1mL

全血(非哺乳動物)

體積≥0.5mL

唾液

體積≥1mL(推薦DNA Genotek管收集) 

Q1:昂飛(Affymetrix)的定制芯片有最小起訂量要求嗎?如果有,最小起訂量是多少?

A1:昂飛的MyDesign定制芯片有最小起訂量要求,最小起訂量為480樣品,如果客戶的樣品量小于480個樣品的話,我們按照480個樣品的總量收費。

Q2:定制芯片需要客戶提供什麼信息?

A2:客戶需要提供所感興趣的位點的信息,位點信息按照以下方式提供:位點編号(如rs12693932);如果是沒有編号的位點(例如客戶自己測序結果中的denovo mutation),需要客戶提供位點的突變類型和上下遊序列,上下遊序列不少于30bp。

Q3:Axiom芯片與GeneChip相比有什麼優勢?

A3:Axiom芯片的工作原理與老式的GeneChip完全不一樣,這種改進的工作流程可以大大降低信噪比,增加實驗的靈敏度與嚴謹性。同時,GeneTitan平台的自動化流程能夠将實驗誤差降低到最小。

半定制的Axiom芯片能夠在原芯片的基礎上添加客戶感興趣的位點,大大優化了疾病研究或群體研究的位點覆蓋,這些位點可以是客戶已有的,也可以選自Axiom基因組數據庫。

Q4:FFPE樣品可以用于Axiom芯片分型實驗嗎?

A4:FFPE樣品目前無法用于Axiom芯片。

Q5:昂飛的芯片能分析CNV嗎?

A5:昂飛的Axiom系列芯片沒有設計用于檢測CNV的探針,因此無法檢測CNV。如果老師想檢測CNV的話,可以考慮用Affymetrix的OncoScan或CytoScan系列芯片或者全基因組測序等其他方法代替。

Q6:昂飛的芯片分型平台能對多倍體物種進行分型嗎?

A6:是的,昂飛的芯片可以對多倍體物種進行分型,昂飛芯片已經應用于多個多倍體物種的基因分型項目,并獲得了很好的結果。


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