logo

logo

産品服務

Sequencing services

  • 首頁UMI Small RNA 測序

UMI Small RNA 測序

        UMI Small RNA測序,文庫構建時引入特異性分子标簽(UMI),結合高通量測序,研究某物種某組織在特定時空狀态下18-30 nt的small RNA片段序列信息,實現絕對定量,通過與數據庫比對, 可實現small RNA序列的鑒定、靶基因分析和功能分析, 以及包含miRNA、siRNA、piRNA等多種small RNA類型的分析研究需求等。主要應用在動植物生長發育調控研究、抗病抗逆調控研究、生物性狀及突變調控研究等;在疾病研究方面,可研究疾病發生調控機制、尋找生物标記、靶向藥物研究等。

技術優勢

1

研究内容

        利用BGISEQ平台,對富集到的18-30nt的小RNA片段進行測序,對獲得的有效數據進行序列長度分布統計,将篩選後的高質量序列分類注釋,從而獲得樣品中包含的各組分及表達量信息,并對所有小RNA片段進行注釋,對miRNA進行靶基因預測等分析。

一、标準分析

1、數據産出統計,對原始信息采集數據去接頭污染,去低質量reads         

2、18-30 nt Small RNA 信息采集結果的長度分布         

3、Small RNA在選定的參考基因組上的分布(隻能選定一個參考基因組)

4、Small RNA分類注釋

①Small RNA與rRNA、tRNA、snRNA、snoRNA的比對信息   

②Small RNA與重複序列的比對信息

③Small RNA與exon/intron的比對信息    

④Small RNA與miRBase中指定範圍的已知的miRNA的比對

⑤miRNA家族分析

⑥動物保守piRNA注釋分析(分析僅針對數據庫中已有的物種:人、小鼠、斑馬魚、線蟲、果蠅、大鼠、雞、家蠶)

5、Small RNA預測(miRNA/siRNA/piRNA)

6、已知和新Small RNA 定量分析(miRNA/siRNA/piRNA)

7、已知和新Small RNA差異表達分析(miRNA/siRNA/piRNA)

8、已知和新miRNA表達/差異表達聚類分析

9、已知和miRNA 靶基因預測

10、差異miRNA 靶基因GO 注釋和KEGG 通路分析

二、高級分析

1、差異miRNA與差異靶基因的相關性分析;

2、差異miRNA與差異靶基因互作網絡繪制;

3、互作靶基因功能富集分析(KEGG和GO);

三、定制化信息分析

可結合客戶的材料與需求,協商确定定制化信息分析内容。


疾病miRNA表達譜——microRNA分析揭示IL1途徑在風濕性心髒瓣膜病中潛在增強

Comprehensive microRNA profiling reveals potential augmentation of the IL1 pathway in rheumatic heart valve disease[J]. BMC cardiovascular disorders, 2018, 18(1): 53.

研究摘要

        心髒瓣膜病是心血管病死亡的主要原因,中國尤甚,超過一半的心髒瓣膜病是由急性風濕熱引起,但心髒瓣膜病的miRNA譜未知。本次研究采用4例風濕性心髒病患者(2例中度,2例重度)和1例健康人對照的血清樣本進行高通量測序,患者中共有的下調miRNA 91個,上調miRNA 13個。進行靶基因和功能預測後,選取9個miRNA利用qRT-PCR做大樣本驗證。在40例患者(20例中度,20例重度)和20例健康人中,發現2個miRNA(hsamiR-205-3p和hsa-miR-3909)分散度低,風濕性心髒病患者顯著降低,先天性心髒病患者與健康人無明顯改變。預測hsamiR-205-3p靶向IL-1β,hsa-miR-3909靶向IL1R1,并利用熒光素酶測定驗證miRNA抑制靶基因表達。免疫組化測定靶基因編碼蛋白的表達量,得出在風濕性心髒病患者中比在先天性心髒病患者中IL-1β、IL1R1 的表達量更高。

研究結果

23

圖1  患者中共有的91個下調miRNA、13個上調miRNA靶基因功能分析。

4

圖2  9個miRNA利用qRT-PCR進行大樣本驗證。

5

圖3  IL-1β、IL1R1在風濕性心髒病患者中比在先天性心髒病患者中表達量更高。

 

 miRNA機制研究——寄生昆蟲衍生的miRNA調節宿主發育

Parasitic insect-derived miRNAs modulate host development[J]. Nature communications, 2018, 9(1): 2205.

研究摘要

        寄生蜂會産生毒液、多DNA病毒(PDV)、畸形細胞等,改變宿主的生理狀态有益于後代存活,但改變的潛在分子機制仍不清楚。本研究發現寄生蜂(C. vestalis)的畸形細胞、多DNA病毒(嵌入到寄生蜂基因組中特有的共生病毒)CvBV可以産生miRNA并通過不同方式将其傳遞到宿主中。寄生宿主小菜蛾(P. xylostella)中某些miRNA主要由畸形細胞産生,而寄生宿主中由CvBV編碼的miRNA的表達水平比非寄生宿主高100倍。一種畸形細胞産生的miRNA(Cve-miR-281-3p)和一種CvBV産生的miRNA(Cve-miR-novel22-5p-1)通過調節宿主蛻皮激素受體(EcR)的表達來阻止宿主生長。研究結果顯示miRNA在動物寄生中可以進行跨物種調控,及寄生期間宿主生理改變中miRNA的功能。

研究結果

111213

圖1  寄生蜂幼蟲和畸形細胞中的miRNA 特征

比對寄生蜂的基因組得到20個由多DNA病毒編碼的miRNA,由13個前體miRNA剪切加工形成。

  14

圖2  CvBV編碼的miRNA在CvBV感染的宿主小菜蛾中的表達。

i.小菜蛾三齡幼蟲注射CvBV;j. CvBV加入細胞培養基中進行細胞感染。

RT-qPCR驗證20個miRNA,其中17個miRNA可以驗證。

15

16

圖3  RT-qPCR結果表明畸形細胞會釋放出特異的miRNA

驗證發現畸形細胞所編碼的miRNA必須分泌到胞外,并被寄主小菜蛾的血細胞所吸收才能起作用。

17  

圖4  Cve-miR-281-3p和Cve-novel22-5p延遲小菜蛾的生長和化蛹。

對畸形細胞中30個高表達miRNA進行靶基因預測,選擇具有同一靶标基因(EcR)進行