logo

logo

市場活動

Market activity

産品促銷

Product promotion

全國首發!納克級蛋白質組,再也不擔心樣本不夠了!

衆所周知,科研樣本特别珍貴。随着科研水平不斷縱向深入,多組學研究需求也變得越來越火熱。那麼,珍貴的樣本能不能同時開展RNA和蛋白質組學研究呢?

答案是:能!

在此之前,科技君先和大家普及一個概念——細胞的異質性(heterogeneity)。這是一個普遍存在的生物學現象,即使看起來相同的細胞,也可能存在顯著的異質性。常規的研究從整個組織或數百萬細胞入手,得到的隻是一群細胞中信号的平均值,難以滿足對生命功能深入探究的需要。從單細胞層面去研究可以獲得更多細胞間異質性的信息,所以越來越多與單細胞測序相關的研究發表在頂級期刊上,蛋白質研究也正往這個方向發展。

但是,蛋白質組學與測序技術不同,目前還沒有類似PCR擴增的技術能對蛋白質進行擴增,因此,以往蛋白質組實驗大都需要數百萬個細胞。随着技術的發展,蛋白質組學能否實現精細的單細胞研究?


1


過去十年,蛋白質組學有了很大的發展。随着更高靈敏度、更高分辨率質譜儀的開發,蛋白的抽提、純化技術的突飛猛進,已經不需要百萬級細胞進行研究。

華大質譜平台早在多年前就開始研發微量蛋白質組技術,目前已能夠實現對100個細胞(相當于10ng蛋白量)進行質譜鑒定,且蛋白鑒定數接近4000個!

這麼說,蛋白質組研究已經進入到單細胞研究水平啦?!

嚴格來說,100個細胞當然不是單細胞。但是單個哺乳動物細胞直徑約10μm,蛋白含量約0.1ng,100個細胞也就大概10ng的量。比如下圖,就可以很清楚地查看到不同細胞量對應的蛋白量。

修改-副

圖1 華大質譜平台可以對于10ng的蛋白質進行鑒定

重點是,對于體積較大的卵細胞,1個細胞也是足夠的。曾經文章采用非洲爪蟾單個卵裂球細胞(~130μm,蛋白含量~40ng)鑒定到~1600蛋白[1]


問題來了,這麼強大技術,效果穩定嗎?


華大質譜平台的測試數據,處于文獻報道的高水平[2][3]!下面直接上數據——


蛋白鑒定結果展示

以100個Hela細胞(Hela_100),1000個Hela細胞(Hela_1000)和HCT細胞(HCT_1000)進行測試,每種樣本做了4次技術重複,鑒定結果如下:

4

圖2 蛋白鑒定結果(注:HCT是人結腸癌細胞系)


技術重複性展示

鑒定層面技術重複的重現性:100個細胞鑒定overlap大于70%,1000個細胞鑒定overlap大于80%;定量層面技術重複的重複性:100個細胞、1000個細胞定量相關性都達到0.9以上;100個細胞與1000個細胞之間的定量相關性達到0.8以上。


3

圖3 技術重複,左:100個Hela細胞的鑒定overlap;中:100個Hela細胞的鑒定overlap

目前,華大質譜平台的納克級蛋白質組學還可以擴充到以下這些應用領域:細胞異質性研究[4]、組織亞結構研究[3]、胚胎發育研究[1],滿足越來越多的研究需求。對于珍貴的樣本,有了納克級技術的加持,同時開展RNA和蛋白質組學研究,不再是難題啦!

6


預 售 來 啦 !

即日起至2019年9月30日,

納克級蛋白質組預售正式啟動,

歡迎預定。

更多納克級蛋白質組産品信息,

請咨詢華大基因當地科技代表。

海報-納克級蛋白質組學-2m


參考文獻:

1. Sun L, Dubiak KM, Peuchen EH, et al. Single cell proteomics using frog (Xenopus laevis) Blastomeres isolated from early stage embryos, which form a geometric progression in protein content. Anal Chem. 2016 Jul 5;88(13):6653-7.

2. Zhu Y, Piehowski PD, Zhao R, et al. Nanodroplet processing platform for deep and quantitative proteome profiling of 10-100 mammalian cells. Nat Commun. 2018 Feb 28;9(1):882.

3. Clair G, Piehowski PD, Nicola T, et al. Spatially-resolved proteomics: rapid quantitative analysis of laser capture microdissected alveolar tissue samples. Sci Rep. 2016 Dec 22;6:39224.

4. Myers SA, Rhoads A, Cocco AR, et al. Steamlined protocol for deep proteomic profiling of FAC-sorted cells and its application to freshly isolated murine immune cells. Mol Cell Proteomics. 2019 May;18(5):995-1009

* 訂閱生命科學領域資訊及更多關于BGI的信息請點擊這裡